Наприкінці 80-х років з'являються перші альтернативні навчальні програми, підручники та посібники. Згідно з проектом школи»починається оснащення шкіл IBM-сумісними комп'ютерами. В Україні було створено 160 пілотних шкіл, які виконували роль експериментальних майданчиків та впроваджувачів педагогічних інновацій.
З 1991 до 1995 року було розроблено та затверджено проект Концепції інформатизації освіти тепер уже незалежної України. Видаються перші національна навчальна програма з інформатики [Жалдак М. І., Морзе Н. В., Науменко Г. Г. Програма курсу «Основи інформатики та обчислювальної техніки» для середніх навчальних закладів (експериментальний варіант) // Збірник наказів Міносвіти України. — 1993. — № 13] та національний навчальний посібник [Жалдак М. І., Рамський Ю. С. Інформатика: Навчальний посібник / За ред. М. І. Шкіля. — К.: Вища школа, 1991. — 319 с.].
На початку періоду активно діють регіональні центри пілотних шкіл. З'являється й швидко поширюється мережа шкіл із поглибленим вивченням інформатики з 8-го класу. Збільшується кількість експериментальних майданчиків із використання комп'ютера в початковій школі. Швидко зростає кількість шкіл, що працюють за авторськими програмами викладання інформатики. У школах, оснащених сучасними комп'ютерами, курс орієнтовано в основному на підготовку користувача.
З 1996 року суттєво підвищується кваліфікація випускників педагогічних університетів і інститутів, які в основному задовольняють потреби школи. У деякі школи починають надходити мультимедійні комп'ютерні класи. Поширюється експериментальна робота з використанням мультимедійних засобів на уроках з інших дисциплін. З'являються перший пробний національний підручник [Верлань А. Ф., Апатова Н. В. Інформатика. Підручник для учнів 10-11 класів середніх загальноосвітніх шкіл. — Київ: Квазар-Мікро, 1998. — 200с.], нові посібники.
У 2009 році у більшості шкіл України розпочинається вивчення інформатики за програмою для профільної 12-річної школи. Цією програмою передбачено викладання значної частини навчального матеріалу у формі курсів за вибором.
